经修改的《中华人民共和国植物新品种保护条例实施细则（农业部分）》（以下简称《新细则》）自2008年1月1日起施行。1999年6月16日农业部发布的《中华人民共和国植物新品种保护条例实施细则（农业部分）》同时废止。

  《新细则》与1999年细则有相当大不同。主要修改包括：

    １、农业部植物新品种复审委员会负责审理驳回品种权申请的复审案件、品种权无效宣告案件和授权品种更名案件。具体规定由农业部另行制定。（第42条）

２、对农业植物新品种，《新细则》增加了食用菌和藻类，对繁殖材料作了更明确定义，“是指可繁殖植物的种植材料或植物体的其他部分，包括籽粒、果实和根、茎、苗、芽、叶等。”（第2条,第5条）

３、增加规定 “ 一个植物新品种只能被授予一项品种权。”（第10条）

　　４、《新细则》指出，列入植物新品种保护名录的植物属或者种，从名录公布之日起1年内提出的品种权申请，凡经过育种者许可，申请日前在中国境内销售该品种的繁殖材料未超过4年，符合《条例》规定的特异性、一致性和稳定性及命名要求的，农业部可以授予品种权。（第14条）

　　５、《新细则》增加规定，已通过品种审定的品种，或获得《农业转基因生物安全证书（生产应用）》的转基因植物品种，如品种名称符合植物新品种命名规定，申请品种权的品种名称应当与品种审定或农业转基因生物安全审批的品种名称一致。（第18条）

　　《新细则》还就向外申请、代理、菌种保藏、强制许可、保密申请等作了更明确的规定。